伴随着铁科院的发展，环（水）保专业经历了从无到有，从发展到壮大的历程。
上世纪八十年代，随着铁路牵引动力改革加速，蒸汽机车快速向内燃、电力牵引过渡，我院主要为蒸汽机车服务的水处理研究室急需转换方向，扩大研究范围。为此，研究室进行了国内外情况调研及资料查阅，结合室内人员自身特点和专长，发现环境保护将是铁路建设急需重视的问题，今后的研究方向应转向环境保护。1985年启动“铁路含油污水处理”的研究，同年承接哈尔滨铁路局三间房内燃机务段扩建项目的环境影响评价任务。
1987年初，成立了以原金化所水处理室为班底，各所相关研究人员参加的铁科院环境保护研究室（简称环保室）。随业务量的扩大，院成立了铁科院环境评价与工程中心（简称环评中心，中心主任由蓝务帛副院长兼任）。环评中心主要从事污水、废气、固体废弃物的治理、铁路环保政策等方面的研究、铁路建设项目环境影响评价，在建铁路项目的环保监控。
环保室除承担“铁路含油污水治理”研究项目外，还完成了由我院主持、铁道部劳卫所参加的“铁路环境保护技术政策”研究。该课题以国家环保方针、政策及铁路发展战略目标为依据，调查研究铁路建设引起线路两侧局部生态环境影响及三废排放现状、发展前景和防治技术；收集国内外铁路邻近区域对环境保护、景观的要求；在防治措施方面，提出了到2000年时与铁路发展相适应的环保技术政策。此外，还完成了“京沪高速铁路技术方案可行性研究”报告中的环境影响分析、预测篇章等项目。
哈尔滨铁路局三间房内燃机务段扩建工程环境影响报告书于1987年10月通过铁道部卫生环保局和黑龙江省环保局联合审查。报告书得到专家委员会的好评，认为报告书编制严谨、结论可信，是路内同类型评价工作中成功的经验。本项目的完成为我院取得国家环保局颁发的建设项目环境影响评价综合评价单位证书提供了业务能力的依据。
环评中心充分发挥我院多专业、多学科、人才齐全的优势，与协作单位紧密合作、相互帮助、共同高质量完成了承担的任务。
自1988年起，环评中心主持完成了牡丹江站、包神铁路、漳泉湄铁路、广深线高速技改、北京西客站、哈大铁路电气化、青岛地铁一号线等建设项目的环境影响报告书的编制任务；参加完成了集通铁路、胶黄铁路、京九铁路、焦枝铁路复线电气化等环评报告书的编制任务。
漳泉湄铁路初步设计于1981年通过铁道部鉴定。由于该线靠近泉州清源山风景区，泉州市部分著名人士及市政、风景区等职能部门反对初步设计中推荐的泉州城区铁路方案（北线方案），并要求按当地提出的方案（新北线方案）实施。直到1989年初，两方案之争仍然针锋相对，铁路开工遥遥无期。双方协商同意由本线环境影响评价报告来确定方案的取舍。环评中心接受委托任务后，组织力量对本线的主要环境因素景观、历史文化、名城、振动、大气环境、噪声、水环境进行现状监测和类比分析，预测漳泉铁路运行对清源山风景区及铁路两侧局部环境的影响。新北线方案中，项目组在拟建车站、机务段等铁路设施所在地的南山谷中，建立了临时大气监测和气象观测站，连续3个月测试该地的空气质量和气象参数，收集了泉州市城区的气象资料。项目组在评价过程中，充分听取了该线设计总体对线路走向和变更的意见。经深入调查、比较并听取各方意见后提出漳泉湄铁路泉州城区段北线局部改线方案和新北线移站方案。泉州市政府在国家环保局对报告书终审批复后，召集市政府、市委、市人大、市政协、市纪委五套班子成员审阅了漳泉湄铁路环境影响报告书，观看了环境比选和仿真模型影像资料后，最终采纳了报告书提出的北线局部改线方案。报告书解决了泉州市各界对漳泉湄线泉州城区段铁路选线方案近10年之争。建设单位认为我院工作严谨、负责，因而将该工程的监理任务委托我院。线路开通运营后，我院受托编制该线环境保护竣工验收报告。
上世纪九十年代，为了满足广深高速技改评价及预测，项目组借助我院在环行试验线进行时速160公里准高速列车综合试验的机会，在线路两侧设置测试装置，取得在不同速度运行时列车产生的噪声强度及传播规律，为准高速技改完成后列车运行对沿线声环境影响预测提供依据。
在编制世界银行贷款项目《武广铁路扩能改造工程环境影响报告书》时，项目组深入调研了湖北、湖南、广东三省的统计年鉴及经济增长探讨等方面的资料，分析了武广铁路建设诱发沿线经济发展的规模及可能带来的环境污染。报告书获得世界银行表扬。
环评中心在完成各项任务时，始终坚持严谨的态度，充分依靠院内综合技术优势，在每份报告中均有各自的重点评价部分和新的高度，提出的结论和建议，为主管部门和建设单位决策提供了科学依据，因而受到国家环保局的重视。为此，我院不仅在1989年底顺利通过国家环保局对全国甲级环评单位的考核（经过考核，甲级评价单位从近500家缩减至200家），并于1989年10月被国家环保局向世界银行推荐为该行在我国贷款项目环境影响评价的备选单位（全国共推荐了20家）。原水处理研究室也完成了向环保专业转向的任务。
在环保专业建立的过程中，培养了一大批能挑重担、敢于创新的技术骨干，成为新形势下铁路环保事业的中坚力量，脚踏实地地为绿色铁路发展、为节能环保事业不断努力奋斗。